O CHC, E.P.E. resulta dos vários percursos que fizeram parte do passado dos hospitais que o constituem e que caracterizam a sua história como um trajecto singular. O Decreto-Lei n.º 93/71, de 22 de Março, atribui-lhe forma legal e indica a sua constituição: Hospital Geral, Hospital Pediátrico, Hospital da Gala (mais tarde desanexado) e a Obra de Assistência Materno-Infantil Maternidade do Dr. Bissaya Barreto. O Professor Bissaya Barreto, docente da faculdade de Medicina de Coimbra foi o patrono  desta obra que concebeu e instalou no distrito de Coimbra uma extraordinária obra de medicina social.

Iniciemos o nosso percurso pela delegação do Instituto Maternal da zona centro (Coimbra), mais tarde Obra de Assistência Materno-Infantil do Dr Bissaya Barreto e, actualmente, Maternidade Bissaya Barreto, inaugurada a 28 de Abril de 1964, na Quinta da Rainha, conjunto assistencial que veio substituir as instalações provisórias do Largo da Sé Velha e, ainda, o Ninho dos Pequenitos, o Parque Infantil Oliveira Salazar e o jardim anexo que funcionavam à praça da República, no local onde foram construídas as actuais instalações da Associação Académica. Esta instituição destinou-se, desde sempre, a prestar cuidados à mãe e a assegurar o acompanhamento e desenvolvimento da criança.

O Hospital Pediátrico ocupa, ainda hoje, um espaço objecto de numerosas utilizações ao longo da sua história: primeiro foi convento, mais tarde asilo para cegos e aleijados, posteriormente, hospital-sanatório para mulheres e crianças tuberculosas. Terminada a sua missão nesta vertente de cuidados, e após grandes dificuldades, a reconversão e adaptação dos edifícios para um hospital de crianças foi uma realidade. Assim, a 1 de Junho de 1977 é inaugurado, nas instalações que conhecemos, o Hospital Pediátrico.

O Hospital Geral da Colónia Portuguesa do Brasil, inaugurado a 27 de Abril de 1973, situa-se em Coimbra, na freguesia de S. Martinho do Bispo. O conjunto de edifícios que, ainda hoje, constituem este hospital foram construídos durante as primeiras décadas do séc. XX, entre 1918 e 1930, com a intenção de criar uma escola-asilo destinada a recolher e educar os órfãos dos soldados mortos na 1ª Grande Guerra. Como nunca chegaram a ser utilizados para este fim, foram reconvertidos num sanatório antituberculoso para indivíduos do sexo masculino, dando corpo às preocupações assistenciais da época. A 5 de Fevereiro de 1931, é publicado o Decreto  n.º 19310 no qual a Assistência da Colónia Portuguesa do Brasil faz doação do seu património ao governo português, convertendo-o num hospital-sanatório, com capacidade para 400 doentes, e que representava o que de mais moderno e revolucionário se fizera até então, pela sua concepção, beleza e conforto, servindo de modelo a outras instituições que foram surgindo no país. Anos mais tarde, novas circunstâncias ditaram o fim do hospital-sanatório com a redução significativa do número de tuberculosos, sendo, então, criado o Hospital Geral como hospital central, pelo Decreto-Lei n.º 308/70, de 2 de Julho.